化石油气船、车辆运载和滚装船和其他船型按照PC/UMS净吨位计价；客船按照铺位计
价；军舰、供应船和医院船等按照排水量计价。自主权归还巴拿马以来，巴拿马运河已
先后10次提高收费标准，通行费较1999年已大幅提高。目前，装载4000个集装箱的巴拿
马型船只通过运河约需交纳35-40万美元。
巴拿马运河管理局必须从收取的通行费中向巴拿马国库缴纳年度税费。 在缴纳年度
税费并支付运河的营运与维护开支后，所有的盈余也都全部上缴国库。
【过河规程】
船只通过巴拿马运河必须严格遵守巴拿马运河管理局指定的有关规程。
（1）代理委托
船东或租船人至少应在船舶抵达前 5天向法定过河代理提出委托，并提供详细的船
舶资料。代理收到委托后，向运河当局进行申报登记，并提供有关过河费用的估算。
（2）过河限制
运河当局对过河船只有严格限制， 通过旧船闸的一般最大船长不得超过289.6米， 集
装箱船和客船可放宽至294.13米， 最大船宽不得超过32.31米， 自水线算起的最大船高不
得超过57.91米， 最大吃水为12.04米。 船舶首次通过运河后， 运河当局将以书面形式通知
该轮过河允许最大吃水。
新船闸建成后，最大船长不得超过366米，最大船宽不得超过51.25米，最大吃水为
15.2米。2023年3月起至另行通知，新闸吃水深度降至13.41米。
（3）排队或预订过河
船舶过河可以选择正常排队过河或预订过河。 运河每天通过的北上 （太平洋至大西
洋方向）和南下（大西洋至太平洋方向）的船舶总数约为38至40艘，其中有23至24个船
位是留给预订船舶的，其他船位供没有预订的船舶使用。每天早晨，运河调度会根据船
舶预订和到达情况，做出当天和第二天的过河计划，并通过运河电子网络发布，同时也
会通报各船。通常安排大船在凌晨和上午过河，小船在下午和晚上过河。客户可提前预
订船舶的过河日期， 但要缴纳约相当于过河费10%的预订费。 此外， 由于过河数量限制，
巴运河管理局对优先过河闸位进行拍卖，目前竞拍成交价约为50万美元。